שמו של קפה זה נובע ממספר מקורות.

SHG -מבטא גובה גידול רב בו גדלים העצים ואיכות הגידול ו – JAVANICA, שהוא בעצם זן קפה.

תחילה, הסיפור הוא על רוכל שמכר לחקלאי מקומי שק קפה, החקלאי הבין שזהו זן נדיר של קפה, שקשה לגדלו עקב רגישות יתר למחלות ולתנאי מזג אוויר משתנים. הפולים נקראו ג׳אווה, ובגלל שלראשונה נשתלו בניקרגואה וגידולם צלח, הוסיפו לשם "ניקה" . מכאן שמו המלא "ג'אווניקה".

גם היום קפה זה נדיר יחסית ומופקים ממנו רק כ200 שקים בשנה. קפה זה מיוחד מאחר והוא מזכיר בטעמיו ותכונותיו קפה אפריקאי אך גדל בניקרגואה שבדרום אמריקה.